Способ "CRON" - можно проверять раз в минуту свой почтовый ящик и обрабатывать все письма. Еще можно сэмулировать крон тем, кто имеет халявный хостинг где-нибудь на f2s.com... На платном хостинге админа вам крон предоставит.
Способ "COMMAND" - можно запускать обработчик писем как только оно приходит. Самый прогрессивный способ. Ваша программа получает письмо входным потоком - удобнее придумать трудно.
Больше ничего придумать нельзя. Разве что совсем не реагировать на почту.